LLM性能検討のために、オープンウェイトLLMを導入。Mac＋Ollamaでの環境構築からモデル選定、運用の注意点を説明。

PDFからMarkdown形式への変換をMac上で行うためのセットアップ方法を詳しく紹介。主に生物学医学論文が対象。

ChimerDB由来18種EML4-ALK融合部位についてAlphaGenomeでRNA-Seq予測。転写の方向と位置の影響を統一条件で比較し、EML4逆向きで発現消失、バリアント間に有意差なしという結果を得た。

肺癌の代表的融合遺伝子EML4-ALKについて、hg19→hg38座標変換と人工配列構築を行い、AlphaGenomeで肺組織RNA-Seqとスプライス部位を予測。これまでの観察との整合性を確認した。

DeepMindのAlphaGenomeを試用した：ゲノム配列入力方式、対応アッセイを紹介、制約と活用法を整理した。

Google DeepMindが開発したAlphaGenomeは、ゲノム配列から機能を予測するAI。Mac mini（M2）環境で実際にセットアップした手順を解説。環境構築から動作確認まで段階的に説明。

膨張するCIViCエビデンス（例えばEGFR全変異268件）を活用するには自動要約が必須だ。自作スクリプトとLLMで解析し現行標準治療との整合性と抽出精度を検証、次段強化ポイントを整理した。

ベンチマークテストB（LLM連携CEA/CEA-MPXによるCIViC大量エビデンス自動要約とその評価）資料

ベンチマークテストB（LLM連携CEA/CEA-MPXによるCIViC大量エビデンス自動要約とその評価）資料

ベンチマークテストA（LLM連携CEA/CEA-MPXによるCIViC大量エビデンス自動要約とその評価）資料

CIViCは臨床エビデンスを起点としたデータ構造に特徴があり、ライセンスによる制限がないため、生成AIによる分析の第一選択になる。

LLMアシスタントMonicaを使い、自然言語でプログラムを作成する「バイブコーディング」を行った。ゲノム医学分野のツール開発を通じて、AI活用の新たな方法やそのコツ、LLMの性質と工夫について紹介した。

2025/07/10更新

2025年ASCO年会の乳癌関連422演題を最新AIで分析。3つのモデルが一致した主要トレンドは「ADC」、「ctDNA」、「内分泌療法耐性克服」「TNBC治療多様化」「早期乳癌における治療最適化」

ASCO 2025の肺癌演題314題を分析。3つのモデルが導き出した主要トレンドは「新規治療薬（新世代ADC、BiTE）」「周術期治療の進化」「分子標的薬の新動向」「SCLCの治療革新」

2025年ASCO年会乳癌387演題をClaude 4 Sonnet・Gemini 2.5 Pro・GPT-4.1が分析。共通トレンドは「個別化医療の深化」「治療最適化」「健康格差是正」「サバイバーシップ重視」

2025年ASCO年会肺癌関連の学会演題をAIで分析：周術期治療、抗体薬物複合体（ADC）、小細胞肺癌（SCLC）がトピックスと予測。

ベッセント財務長官の発言を基に、米国債需要創出の可能性を検討。トランプ政権の暗号資産政策の検証：主流経済学者の批判と、主流経済学の枠組みを超えた批判の乖離をLLMで分析。

第二次トランプ政権の貿易政策は高関税とドル安誘導を軸に展開。その中でビットコインとステーブルコインが米国債需要を支える重要な役割を果たす可能性を探る。

ステーブルコイン流通の仕組み：Ethereum・Tronなどのレイヤー1ブロックチェーンの役割を解説した。

スティーブン・ミランはドル安誘導で米経済再構築を目指すが、ドル安で米国債価値が下落し債務維持が困難になるという矛盾を抱えている。この矛盾点は他の専門家も指摘しており、国内では報道されていないものの、業界の一部では一般認識のようだ。

マール・ア・ラーゴ合意はドル安誘導で米経済再構築を目指すが、ドル安で米国債価値が下落し債務維持が困難になる矛盾を抱える。

国際金融市場を揺るがす「空売り」：1992年のブラック・ウェンズデーと2025年米中貿易戦争下の「ベッセント・ショート」。高関税政策の裏で熾烈な人民元攻撃が行われていた。

レイヤー1ブロックチェーンのコンセンサス方式にはPoW（高いセキュリティと分散性だが電力消費が多い）と、PoS/DPoS（エネルギー効率が高くステーキング報酬が得られるが、大量保有者の影響力が強い）があり、金融資産としての性質もことなる。

米国ではLDTは未承認診断薬を使用可能であるため、検査機関がオンコマインを使うメリットはない。製薬企業との診断薬承認ビジネスに重点が置かれ、品質管理の不備が発生した可能性がある。NGS技術が複雑なため、IVDとして管理することは技術的に難しいかもし…

ステーブルコインはL1ネットワークの進化や規制環境の変化でL1依存度が低下する可能性もある。ステーブルコインとRWAトークン化のブロックチェーン統合は、同一ネットワーク、専用ネットワーク、相互運用性など様々なシナリオが考えられる。

中央銀行デジタル通貨（CBDC）とステーブルコインは発行主体、監視強度、国際競争力、金融政策への影響、法執行力で異なる。CBDCは国家信用が裏付けられ完全追跡可能だが、ステーブルコインは民間企業発行で信用リスクを抱える。真の課題は「監視vs自由」で…

オンコマイン Dx Target Test 、AmoyDx肺癌マルチ遺伝子PCRパネルではコバスEGFR検出キットや肺がんコンパクトパネルと比較して顕著なEGFR変異検出率の低下がみられる。

「オタキング」岡田斗司夫は現代社会の本質を見抜く人で、社会の本質を的確に言語化してくれるので、彼のYouTubeチャンネルを重宝している。１月１９日の動画「承認格差とはなにか？」は最近自分が感じていることを平易な言葉で説明していた。 話のベースは…

イルミナは２０２４年６月２４日にグレイルの売却を完了していた。売却企業が見つからなかったようで、グレイルの発行済み株式のイルミナ普通株式の保有者への分配という形で売却が行われた。