肺がんコンパクトパネルの論文がDiagnostics誌に掲載された。本論文以外にこれまで発表された関連論文をまとめた。
肺がんコンパクトパネルの内部仕様と分析性能
Kato, K.; Okami, J.; Nakamura, H.; Honma, K.; Sato, Y.; Nakamura, S.; Kukita, Y.; Nakatsuka, S.-i.; Higashiyama, M. Analytical Performance of a Highly Sensitive System to Detect Gene Variants Using Next-Generation Sequencing for Lung Cancer Companion Diagnostics. Diagnostics2023,13,1476. DOI: 10.3390/diagnostics13081476
要旨
近年、肺がんの分子標的治療薬の増加に伴い、複数の遺伝子を同時に検査することが求められている。次世代シーケンサー（NGS）を用いた遺伝子パネルが理想的であるが、従来のパネルは高い腫瘍含有率が必要であり、生検サンプルではこの条件を満たさないことが多い。我々は、コンパクトパネルと呼ばれる新しいNGSパネルを開発した。高感度を特徴とし、EGFRエクソン19欠失、L858R、T790M、BRAF V600E、KRAS G12Cの変異の検出限界は、それぞれ0.14%、0.20%、0.48%、0.24%、そして0.20%である。変異検出も相関係数が0.966から0.992と高い定量性を持っていた。融合検出の閾値は1％であった。本パネルは、承認された検査と良好な一致を示した。一致率は以下の通りであった：EGFR陽性100％（95％信頼区間95.5-100）、EGFR陰性90.9（82.2-96.3）、BRAF陽性100（59.0-100）、BRAF陰性100（94.9-100）、KRAS G12C陽性100（92.7-100）KRAS G12C陰性100（93.0-100）、ALK陽性96．7 (83.8-99.9); ALK陰性, 98.4 (97.2-99.2); ROS1陽性, 100 (66.4-100); ROS1陰性, 99.0 (94.6-100); MET陽性, 98.0 (89.0-99.9); MET陰性 100 (92.8-100); RET陽性, 93.8 (69.8-100); RET陰性 100 (94.9-100)。分析性能は、従来のNGSパネルのように厳密な病理学的モニタリングを必要とせず、日常臨床で得られる様々な種類の生検試料に対応できることを示した。
プレプリント版はmedRxivでみれる（https://doi.org/10.1101/2021.10.13.21264976）。
関連論文：実施例
Minami, D.; Takigawa, N.; Nakajima, Y.; Miyahara, N.; Mizumori, Y.; Ueda, M.; Nakamura, S.; Suzuki, F.; Sato, Y.; Morikawa, K.; et al. Use of a highly sensitive lung cancer compact panel to detect KRAS G12D in the wash fluid from a lung tumor: A case report. Thorac. Cancer 2022, 13, 1735–1738. DOI: 10.1111/1759-7714.14439 要旨
Morikawa, K.; Kida, H.; Handa, H.; Inoue, T.; Saji, H.; Koike, J.; Nakamura, S.; Sato, Y.; Ueda, Y.; Suzuki, F.; et al. A Prospective Validation Study of Lung Cancer Gene Panel Testing Using Cytological Specimens. Cancers 2022, 14, 3784. DOI: 10.3390/cancers14153784 要旨
Morikawa, K.; Kinoshita, K.; Kida, H.; Inoue, T.; Mineshita, M. Preliminary Results of NGS Gene Panel Test Using NSCLC Sputum Cytology and Therapeutic Effect Using Corresponding Molecular-Targeted Drugs. Genes 2022, 13, 812. DOI: 10.3390/genes13050812 要旨
Morikawa, K.; Handa, H.; Ueno, J.; Tsuruoka, H.; Inoue, T.; Shimada, N.; Koike, J.; Nakamura, S.; Sato, Y.; Mineshita, M (2022) RET fusion mutation detected by re-biopsy 7 years after initial cytotoxic chemotherapy: A case report. Front. Oncol. 2022 12, 1019932. DOI: 10.3389/fonc.2022.1019932 要旨
南 大輔・瀧川奈義夫・多田陽郎・中島康博・宮原信明・水守康之・植田充宏・佐藤慶治・森川 慶・金廣有彦. 細胞診検体を用いた肺がんコンパクトパネルによる次世代シーケンシングの有用性. 肺癌.2022;62:989-995 PDF
